EVENTO
Bibliotecas de Fragmentos para a Predição de Estruturas de Proteínas
Tipo de evento: Defesa de Dissertação de Mestrado
Bibliotecas de fragmentos são utilizadas para aumentar a acurácia da predição de estruturas de proteínas, pois além de diminuirem os graus de liberdade envolvidos no problema permitem o uso de informação empírica para prever a conformação local de uma determinada região da sequência-alvo. Limitações para a geração de modelos com estruturas próximas à nativa utilizando modelagem por fragmentos estão relacionadas com a qualidade, diversidade e tamanho da biblioteca. Este trabalho teve como objetivo verificar diferentes aspectos de bibliotecas de fragmentos na reprodução de estruturas nativas de proteínas por meio da combinação de diferentes abordagens. Foram geradas e analisadas bibliotecas com diferentes características, tais como: similaridade de sequência, uso acoplado de predição de estruturas secundárias, tamanho da sequência do fragmento, uso de agrupamento estrutural para redução do espaço de busca, e inclusão de distintos níveis de homologia entre a sequência-alvo e as proteínas do banco de estruturas. Cada biblioteca testada foi composta por fragmentos extraídos de proteínas que não possuiam mais de 20% de similaridade de sequência com a sequência-alvo. Para a avaliação da capacidade de reproduzir a estrutura nativa, foi desenvolvido um algoritmo para selecionar e inserir os fragmentos em diferentes posições da sequência-alvo, em uma busca quase exaustiva. Foi utilizado um conjunto-teste composto por proteínas de diferentes tamanhos e classes (principalmente-α, principalmente-β e α+β) para avaliar o desempenho de cada abordagem. Os principais resultados deste trabalho: (i) resultados consistentemente mais próximos da estrutura nativa foram obtidos quando misturadas bibliotecas de tamanhos diferentes (i.e., 3, 6, e 9); (ii) verificou-se a grande importância do uso de fragmentos maiores na primeira etapa do algoritmo de otimização utilizando bibliotecas mistas; (iii) os resultados obtidos a partir de bibliotecas construidas utilizando-se apenas a similaridade de sequência foram equivalentes na média, e até mesmo melhores em alguns casos, do que aqueles obtidos com bibliotecas construidas que utilizam a predição de estruturas secundárias; (iv) o uso de agrupamento estrutural de fragmentos levou à redução do espaço de busca, mas acarretou uma perda na qualidade dos modelos gerados (v) o uso de predição de estrutura secundária implica em uma diminuição da diversidade de estruturas da biblioteca, e pode ou não ser benéfica de acordo com a qualidade do resultado da predição. Os resultados deste trabalho apontam para caminhos importantes na utilização de bibliotecas de fragmentos em programas de predição de estruturas de proteínas.
Data Início: 30/03/2011 Hora: 14:00 Data Fim: 30/03/2011 Hora: 16:00
Local: LNCC - Laboratório Nacional de Computação Ciêntifica - Auditorio A
Aluno: Raphael Trevizani Roque de Oliveira - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC
Orientador: Fabio Lima Custodio - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC Laurent Emmanuel Dardenne - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC
Participante Banca Examinadora: Helio José Corrêa Barbosa - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC/MCTI Laurent Emmanuel Dardenne - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC Richard Charles Garrat - Universidade de São Paulo - USP
Suplente Banca Examinadora: André da Motta Salles Barreto - GOOGLE - Paulo Mascarello Bisch - Universidade Federal do Rio de Janeiro - IBCCF/UFRJ
